1、皮肤粘膜过敏反应：皮肤粘膜过敏反应是常见的一类由雷公藤多甙引起的不良反应，主要表现为皮肤瘙痒、发红、多型性红斑药疹、结节性红斑、固定性药疹、口腔粘膜疱疹伴皮疹、色素沉着、脱发等。

2、肾毒性：过量服用雷公藤多甙引起的肾毒性主要表现为急性肾功能衰竭，服药后可发生少尿、浮肿、血尿、蛋白尿及腰痛等。尸检时可见肾小球毛细血管丛基底膜不规则增厚、肾小球上皮细胞水样变性、脂肪变性及坏死，以近曲小管较重，有的并发肾乳头坏死。

3、生殖系统不良反应：雷公藤多甙对女性生殖系统影响主要表现为引起月经周期紊乱、经期延长、闭经、不孕等。雷公藤多甙对男性生殖系统的影响主要表现为精子数量显著减少，活动力下降，畸形率增加等。张彬等观察了灌服雷公藤多甙8w后Wistar雄性大鼠的睾丸、附睾形态及一氧化氮合成酶活性的变化。结果显示睾丸内的精子细胞及精子减少、曲细精腔缘出现病理形态的细胞及多核巨细胞；附管内可见精子断头及脱落细胞，睾丸间质细胞一氧化氮合成酶平均密度下降。

4、消化系统毒性：雷公藤多苷片在消化系统的不良反应较为常见, 主要表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻、便秘、食欲不振, 少数可致伪膜性肠炎, 严重者可致消化道出血。这些反应多系口服雷公藤刺激胃肠黏膜所致。

5、神经系统毒性：雷公藤多苷片经口服吸收后对神经细胞有一定毒性, 可使神经细胞变性而引起中枢神经系统损伤, 主要表现为头晕、乏力、失眠、嗜睡、听力减退、复视, 还可引起周围神经炎。