1、视网膜变化：可发生视网膜色素沉着变化和视野缺损，罕有报道。早期停用本品后这些病变是可逆的。如果进一步发展，即使停用本品后仍有加重的危险。报告有黄斑病变和黄斑变性的病例，并且可能为不可逆。视网膜病变的患者早期可能没有症状，或者伴有旁中心或中心环形暗点，暂时性的盲点，颞侧视野缺损和异常色觉。

2、角膜的变化：有角膜变化的报道包括角膜水肿和浑浊，可以无自觉症状或可引起诸如光晕、视力模糊或畏光。这些症状可能是暂时的或停药后会逆转。由于调节功能异常导致的视力模糊是剂量依赖的，也可能是可逆的。

3、有时可发生皮疹：瘙痒症，皮肤粘膜色素变化、头发变白和脱发也有报道发生，这些症状通常停药后容易恢复。有大疱疹包括非常罕见的多形性红斑和Steven-Johnson综合症、中毒性表皮坏死松解症、伴嗜酸性粒细胞增多喝系统症状的药疹（DRESS综合征）、光敏感和剥脱性皮炎的报道。非常罕见的急性泛发性发疹性脓疱病（AGEP）病例，须与银屑病进行区别，虽然羟氯喹可能促进银屑病的发作。发热和白细胞过多症可能与羟氯喹有关。停药后通常结果好转。

4、可出现胃肠道功能紊乱，例如恶心、腹泻、厌食、腹痛和罕见的呕吐。在减小剂量或停止治疗后，这些症状通常会立刻消失。

5、使用此类药物较少见的不良反应如头晕、眩晕、耳鸣、听觉缺失、头痛、神经过敏和情绪不稳、精神病、惊厥，但均有报道。

6、可发生感觉运动神经疾病。有进行性虚弱和近端肌群萎缩的骨骼肌肌病或神经肌病的报道。停药后肌病可能恢复，但恢复需多个月。可能观察到伴有轻微的感觉变化，腱反射抑制和异常神经传导。

7、心肌病（可能导致心力衰竭），一些病例报告了死亡。当发现有心脏传导异常（束支传导阻滞/房室传导阻滞）及双侧心室肥大时，应怀疑到药物的慢性毒性。停药后可能恢复。

8、骨髓抑制的报道比较罕见。血液学的异常如贫血、再生障碍性贫血、粒性白细胞缺乏症，白细胞减少症和血小板减少症都曾有报道。羟氯喹可能会促使或加重卟啉症。

9、有肝功能检测异常的个例报道，并有一些暴发性肝功能衰竭的病例报道。

10、荨麻疹、血管性水肿和支气管痉挛均有报道。

11、代谢和营养系统影响。

12、可能发生低血糖症，频率未知。