1.可出现发热和皮疹，严重者引起皮肤坏死（Lyell综合征）。

2.呼吸系统：呼吸系统的不良反应不多见。有纤维性肺泡炎的报道，但应与溃疡性结肠炎的症状如发热、呼吸困难、嗜酸粒细胞增多、肺浸润相区别。这类不良反应一般出现在服药后1～6个月内，停药后即可恢复，但也有死亡报道。对这类患者可用偶氮水杨酰水杨酸类代替。

3.血液系统：柳氮磺吡啶最需引起注意的不良反应是对造血系统的抑制。（1）可发生血小板减少症（严重者可引起出血倾向）和白细胞减少症（严重者可发生感染）；（2）柳氮磺吡啶亦可使叶酸吸收减少，引起巨幼红细胞贫血症；（3）对于缺乏6-磷酸葡萄糖脱氢酶的患者，血细胞溶解的倾向比较严重；（4）也有由于造血系统的损伤致死的报道。

4.消化系统：常见恶心、呕吐、腹部不适，也可出现咽痛、吞咽困难，罕见的胰腺炎、中毒性肝炎及结肠炎加重。对于慢乙酰化代谢的患者，消化系统不良反应的发生率较高。

5.生殖系统：柳氮磺吡啶可引起男性精子数减少、活动能力下降、畸形比例增高，致使生育力下降或不育。

6.精神神经系统：对某些异常过敏的患者，服用柳氮磺吡啶可能出现精神神经症状。有报道可出现严重抑郁

7.泌尿系统：柳氮磺吡啶所含的磺胺吡吡啶吸收后可引起排尿困难、结晶尿和血尿。

8.耐药性：有研究发现柳氮磺吡啶能诱发细菌的耐药性。

9.其他：罕见甲状腺肿大。