甲氧氯普胺主要用于改善由多种器质性或功能性胃肠病引起的消化系统症状。临床常用于缓解胃炎、胃及十二指肠溃疡、胆道疾病等引发的恶心、呕吐、食欲不振及餐后饱胀感。此外，对于肾功能不全(肾炎、尿毒症)或药物源性(如抗肿瘤药、抗结核药)所致的继发性呕吐，亦具有良好的对症治疗效果。

在特殊临床情境下，甲氧氯普胺也发挥着重要作用。例如，在进行放射治疗、开腹术后或胃内插管检查时，甲氧氯普胺可用于预防反射性呕吐，并促进钡剂通过，提高检查效率。

对于婴幼儿不明原因的呕吐症状，该药在严格评估后也可作为控制症状的备选方案之一，但需密切监测潜在不良反应。