盐酸莫西沙星一般可以使用14天，因为长时间使用很可能会产生耐药。体外试验显示经过多步变异才能缓慢的出现对莫西沙星的耐药性。不过，莫西沙星对于某些细菌的获得性耐药率可能随地理和时间而改变。局部耐药是可能出现的，特别是治疗严重感染时。
参考资料： FDA说明书，FDA更新于2001年4月27日，https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/daf/index.cfm?event=overview.process&ApplNo=021334
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