阿法替尼的副作用通常可以预测其起效，持续时间和严重程度。阿法替尼的多数副作用可以在治疗完成后消失。

(一)常见不良反应(≥20%)

包括腹泻、皮疹 / 痤疮样皮炎、口腔炎、甲沟炎、皮肤干燥、食欲下降、恶心、呕吐、瘙痒。

(二)严重不良反应

腹泻：可能导致脱水和肾功能衰竭，部分病例可致命。

大疱性和剥脱性皮肤疾病：0.2% 的患者出现严重大疱、水疱和剥脱性病变，威胁生命的皮肤反应需停药。

间质性肺病(ILD)：发生率为 1.6%，可导致死亡，亚洲患者发生率较高。

肝毒性：0.2% 的患者出现致命性肝损伤，需定期监测肝功能。

胃肠道穿孔：发生率为 0.2%，可致命，存在相关风险因素的患者风险增加。

角膜炎：发生率为 0.7%，确诊溃疡性角膜炎需暂停或停药。

胚胎 - 胎儿毒性：可对胎儿造成伤害。